На сьогодні виділяють 3 базові класи для роботи із відбитками пальців. Перший клас базується на порівнянні візерунку відбитків. Алгоритм працює за наступною схемою. Відскановане зображення розбивається на множину секцій ( чим менша секція, тим вища точність). Місцезнаходження папіляру у цій секції описується певною синусоїдою ( початковий зсув фази, напрям поширення). Потім порівнюються хвильове представлення відповідних секцій шаблону та відсканованого зображення.
Другим класом є кореляційне порівняння. Коли два відбитки накладаються один на інший та проводиться розрахунок кореляції між відповідними пікселями. Зображення можна зміщати та повертати.
Третій клас базується на порівнянні по особливим точкам. Відсканований відбиток порівнюється із шаблоном по крайнім точкам та розгалуженням папілярів. Алгоритми цього класу є найшвидшими і мають найбільше поширення. Недоліком є високі вимоги до якості відсканованого відбитку.
При роботі із відбитками необхідно враховувати той факт, що біля 1% людей мають на стільки унікальні відбитки, що для роботи з ними потрібно створювати спеціальні алгоритми обробки чи робити виключення у вигляді відмови від засобу біометрії. Проблемою використання сканерів є малі діти, пальці яких є занадто малими, щоб досягти заданого рівня розпізнавання.
Дуже часто сканери доповнюють додаткові засоби захисту від використання муляжу. Це є оптоволоконні сканери, сканери із ультразвуковим променем, для ідентифікації пульсу у пальці, сканери із дуже високим розширенням сканування для визначення наявності частинок поту. Додатковим способом захисту може слугувати сканування кількох